Touché par la maladie, Abou Bakr commença à s’inquiéter du sort de la communauté et craignit qu’à sa mort, la discorde menaçât sa cohésion et sa fermeté. Il consulta plusieurs Compagnons du Prophète qui se montrèrent, pour la plupart, en faveur de la désignation d’Omar Ibn Al-Khattâb en tant que Calife. Le dernier mot devant être celui de la communauté, il s’adressa aux habitants de Médine pour demander leur avis. Il dit : « Ô gens ! J’ai fait un choix après avoir consulté nombre de sages. Êtes-vous prêts à l’accepter ? » Les habitants de Médine répondirent par l’affirmative sauf `Alî Ibn Abî Tâlib qui s’exclama : « Non, non... nous n’accepterons que Omar ! » Abou Bakr sourit aussitôt et dit : « C’est `Omar ! »

Jour après jour, la maladie d’Abou Bakr s’aggravait. Consciente que la fin de son père devenait imminente, notre mère Aicha — qu’Allah l’agrée — se mit à le pleurer. En l’entendant, il lui dit : « Ne pleure pas ma fille, dis plutôt : "L’agonie de la mort fait apparaître la vérité : « Voilà ce dont tu t’écartais » * Et l’on soufflera dans la Trompe : Voilà le jour de la Menace * Chaque âme viendra alors accompagnée d’un conducteur et d’un témoin * « Tu restais indifférent à cela. Et bien, Nous ôtons ton voile ; ta vue est perçante aujourd’hui. ». [50/V19 à 22]. » Il demanda ensuite à ses compagnons de quel jour de la semaine il s’agissait et on lui répondit que c’était le lundi. Il dit alors : « C’est le jour où le Prophète décéda. Qu’Allâh me donne l’honneur de mourir cette nuit. » Et, comme si le destin voulut qu’Abou Bakr suive les pas du bien-aimé jusqu’au dernier souffle de sa vie, Abou Bakr décéda au même âge que le Prophète (63 ans). Ses derniers mots furent : « Fais-moi mourir en parfaite soumission et fais-moi rejoindre les vertueux » [S12/V101]. Son retour à Dieu eut lieu au cours du mois de Joumâdah Al-Âkhirah de l’an 13 A.H. (août 634). Abou Bakr fut enterré aux côtés du Prophète — — dans la demeure de Aicha — qu’Allah l’agrée —. Tête reposée à côté des épaules du Messager d’Allah — —, il alla rejoindre une compagnie qui lui avait longtemps manqué, laissant derrière lui une plaie non cicatrisable dans les cœurs des habitants de Médine et des musulmans en général. Lors de son enterrement, Omar Ibn Al-Khattâb dit : « Qu’Allah fasse miséricorde à Abû Bakr, il a légué à sa mort une lourde responsabilité. »